宝应县人民检察院内设8个部门，包括：办公室、第一检察部、第二检察部、第三检察部、第四检察部、第五检察部、第六检察部（保留司法警察大队牌子）、政治部。

　　办公地点分为业务楼和技侦楼，业务楼建于1998年，面积2700平方米，技侦楼建成于2007年，面积3200平方米。